Der Typ Magistratsprojekt ist in FPAK ein Kooperationsprojekt, dessen Partner*innen ausschließlich aus der Stadt Wien-Beteiligten bestehen. Die Projektpartner*innen werden als Dienststellen bezeichnet.
Eine der Dienststellen ist die Projektträger*in (führende Projektpartner*in/Leadorganisation) und nimmt koordinative Aufgaben für alle Kooperationspartner*innen wahr. Sie ist Vertragspartnerin für den Kofinanzierungsvertrag mit der Förderstelle. Die führende Dienststelle übernimmt die Gesamtkoordination in inhaltlicher und finanzieller Hinsicht sowie die treuhändische Administration der Fördermittel(z.B. Weiterleitung der EU-Fördergeldauszahlung an die Partner-Dienststellen)
Die abzurechnenden Projektausgaben (samt Dokumenten) werden von allen Partner*innen selbständig in FPAK erfasst. Bei Freigabe in FPAK werden die Daten und hochgeladenen Dokumente automatisch vom System an die jeweiligen Teil-/Endabrechnungen der Leadorganisation übergeben. Der Leadorganisation obliegen auch die Informationspflicht, d.h. das Bereitstellen von Informationen und Berichten währen der Projektumsetzung und bei Projektabschluss an die ZwiSt während der Projektumsetzung und bei Projektabschluss.